Η παροχή αιτιολογημένων γνωμοδοτήσεων πριν από την έγκριση των περιβαλλοντικών όρων των έργων και δραστηριοτήτων που εμπίπτουν στις περιοχές ευθύνης του ή των οποίων οι επιπτώσεις επηρεάζουν, άμεσα ή έμμεσα, τις περιοχές αυτές, καθώς και σε κάθε άλλο θέμα για το οποίο ζητείται η γνώμη του από τις αρμόδιες αρχές, αποτελεί μια από τις κύριες αρμοδιότητες του Φορέα Διαχείρισης (όπως ρητά αναφέρεται στο άρθρο 15 του ν.2742/1999 όπως τροποποιήθηκε σύμφωνα με την παράγραφο 3 του άρθρου 7 του Ν.3937/2011 – Διατήρηση της Βιοποικιλότητας και άλλες διατάξεις).
Για κάθε γνωμοδότηση, το επιστημονικό προσωπικό του Φορέα υποβάλλει την εισήγηση του -θετική ή αρνητική- προς το Διοικητικό Συμβούλιο του Φορέα Διαχείρισης, το οποίο λαμβάνει την τελική απόφαση. Πριν την σύνταξη της εισήγησης πραγματοποιείται αυτοψία στην περιοχή του προτεινόμενου έργου ή της δραστηριότητας, προκειμένου να ελεγχθεί και να διαπιστωθεί η πραγματική κατάσταση ως προς τις επιπτώσεις του προτεινόμενου έργου με βάση την εμπειρία και τα στοιχεία που έχει ο Φορέας Διαχείρισης για τα είδη και τους οικοτόπους της περιοχής.
