Σύμφωνα με το ν. 2742/ΦΕΚ 207/Α/07-10-1999, αρμοδιότητες του Φορέα Διαχείρισης Λίμνης Παμβώτιδας είναι:
1. Η κατάρτιση και η ευθύνη εφαρμογής των κανονισμών διοίκησης και λειτουργίας των προστατευόμενων αντικειμένων, καθώς και των σχεδίων διαχείρισης.
2. Η παρακολούθηση και αξιολόγηση της εφαρμογής των κανονιστικών όρων και περιορισμών που επιβάλλονται με διατάγματα. Συγκεκριμένα μπορεί να είναι η συλλογή, ταξινόμηση και επεξεργασία περιβαλλοντικών στοιχείων καθώς και η συγκρότηση και λειτουργία σχετικών βάσεων δεδομένων.
3. Η παροχή γνωμοδοτήσεων πριν από την προέγκριση χωροθέτησης και την έγκριση των έργων και δραστηριοτήτων που εμπίπτουν στην περιοχή ευθύνης του.
4. Η επικουρία των αρμοδίων διοικητικών και δικαστικών αρχών στον έλεγχο της εφαρμογής της περιβαλλοντικής νομοθεσίας.
5. Η κατάρτιση μελετών και ερευνών, καθώς και η εκτέλεση τεχνικών ή άλλων έργων, τα οποία είναι απαραίτητα για την προστασία, διατήρηση, αποκατάσταση και ανάδειξη των προστατευόμενων αντικειμένων που εμπίπτουν στην περιοχή ευθύνης του.
6. Η ανάληψη εκπόνησης ή εκτέλεσης εθνικών ή ευρωπαϊκών προγραμμάτων και δράσεων σχετικών με την περιοχή ευθύνης.
7. Η ενημέρωση, εκπαίδευση και κατάρτιση του πληθυσμού.
8. Η προώθηση, υποστήριξη, οργάνωση και εφαρμογή οικοτουριστικών προγραμμάτων, η έκδοση αδειών ξενάγησης και η χορήγηση αδειών επιστημονικής έρευνας. Η χορήγηση σήματος ποιότητας και συνεργασίας σε επιχειρήσεις που δραστηριοποιούνται εντός της προστατευόμενης περιοχής.
9. Η διαχείριση δημόσιων εκτάσεων που παραχωρούνται ή μισθώνονται από το φορέα διαχείρισης.
