Η βλάστηση αποτελεί τη βάση της ζωής για τη λίμνη, καθώς παρέχει σε πλήθος οργανισμών τόπο διαμονής, προστασία και τροφή, ενώ οι ρίζες των φυτών συγκρατούν και σταθεροποιούν το έδαφος. Επιπλέον η βλάστηση αναβαθμίζει το τοπίο, βελτιώνει το μικροκλίμα, μειώνει την ατμοσφαιρική ρύπανση και ηχορύπανση. Όλα τα είδη, συνεισφέρουν στη λειτουργία και στην ισορροπία ενός πλούσιου και πολύτιμου οικοσυστήματος. Πιο συγκεκριμένα η λίμνη χαρακτηρίζεται από μεγάλο χλωριδικό πλούτο (114 taxa) και φιλοξενεί πολλά υδρόβια (62 taxa) και υγρόφιλα μακρόφυτα (31 taxa).
Η λίμνη Παμβώτιδα ανήκει στις ευτροφικές φυσικές λίμνες με βλάστηση τύπου Magnopotamion ή Hydrocharition. Στην υδάτινη μάζα της λίμνης απαντάται επιπλέουσα βλάστηση υδροχαρών φυτών, όπως η φακή του νερού (Lemna sp.), ο ποταμογείτονας (Potamogeton sp.), τα νούφαρα (Nymphaea albae), οι ίριδες (Iris pseudacorus) κ.α. Παρουσιάζονται επίσης είδη με περιορισμένη εξάπλωση στην Ελλάδα, όπως η φτέρη του νερού (Azolla filiculoides) και το καλλίτριχο (Callitriche stagnalis). Οι όχθες της λίμνης και οι ακτές του νησιού καλύπτονται από πυκνούς και εκτεταμένους καλαμιώνες (Phragmites sp.). Η παραλίμνια βλάστηση περιλαμβάνει επίσης υπολείμματα υδροχαρών δασών ιτιάς, λεύκας και πλατάνου (Salix sp., Populus sp., Platanus sp.), καθώς και περιορισμένα υγρά λιβάδια περιοδικά πλημμυριζόμενα κατά τη χειμερινή περίοδο, ιδιαίτερα σημαντικό χώρο φωλεοποίησης και τροφής για πολλά είδη παρυδάτιων πουλιών.
Στο Νησί της λίμνης επίσης έχει γίνει αναδάσωση με μαύρη πεύκη (Pinus nigra), ενώ στο ανατολικό τμήμα της λίμνης εκτείνεται αγροτική ζώνη.
Στην εξωτερική ζώνη της λίμνης προς το όρος Μιτσικέλι απαντώνται επίσης θαμνώνες κέδρου (Juniperus oxycedrus), ελληνικά δάση πρίνου, ψευδομακίας, φρύγανα, χέρσα εδάφη με ακανθώδεις θάμνους και ψευδοστέππες με αγρωστώδη και θερόφυτα. Στην ευρύτερη περιοχή του λεκανοπεδίου, συμπεριλαμβάνοντας το όρος Μιτσικέλι, φιλοξενούνται είδη φυτών που αξιολογούνται ως σπάνια, απειλούμενα ή ενδημικά.
Οι ανθρωπογενείς δραστηριότητες που από το παρελθόν μέχρι σήμερα ασκούν πιέσεις στους οικοτόπους και κατά συνέπεια στη χλωρίδα της περιοχής, συνοψίζονται στις εξής:
α) εκχερσώσεις παρόχθιας βλάστησης με άμεσο αποτέλεσμα την ποσοτική μείωση της επιφάνειας των παρόχθιων φυτοκοινωνιών,
β) αποξήρανση λίμνης Λαψίστας και δημιουργία αναχώματος που είχαν ως άμεσα αποτελέσματα την απώλεια των περιοδικά κατακλυζόμενων υγρών λιβαδιών και των ρηχών εκτάσεων της λίμνης,
γ) διατάραξη του υδατικού ισοζυγίου της λίμνης και η ρύπανση (αστικά απόβλητα, κτηνοτροφικά απόβλητα, γεωργικές καλλιέργειες) που έχει ως αποτέλεσμα τη δημιουργία ευτροφικών καταστάσεων, που ευνοούν την επέκταση των καλαμώνων οι οποίοι σταδιακά προσχώνουν τη λίμνη, αλλά και την αλλαγή της χλωριδικής δομής των υδρόβιων φυτοκοινωνιών της λίμνης.
Φωτογραφικό υλικό: https://www.lakepamvotis.eu/chlorida/
